Các hải đồ mà Bồ Đào Nha dùng ở châu Á cũng là nguồn tham khảo để người Nhật vẽ nên hải đồ của riêng mình, với các ghi chú địa danh bằng tiếng Nhật. Qua thời gian cùng quan hệ xấu đi với Bồ Đào Nha, Nhật Bản bắt đầu tin dùng các cố vấn Hà Lan hoặc tự phát triển kỹ thuật hàng hải của riêng mình. Mặt hàng xuất khẩu chủ lực của người Nhật trong thương mại Châu ấn thuyền là bạc, kim cương, đồng, sắt, lưu huỳnh, giấy, kiếm, đồ sơn mài và các mặt hàng thủ công mỹ nghệ... trong khi các hàng hóa nổi bật họ mua là lụa và đồ sứ Trung Hoa ở Philippines, gia vị ở Malacca và quần đảo Indo, trầm hương và kỳ nam ở xứ Đàng Trong, gỗ tô mộc và da hươu ở Ayutthaya… cả 1 số loại trái cây còn lạ lẫm với người Nhật như chuối, mít, sầu riêng…
Trong số đó, lượng tàu Nhật cập cảng Đàng Trong là nhiều hơn cả (87 tàu, chưa kể những chiếc ko có giấy phép trước năm 1604). Kế đến là Ayutthaya (56 tàu), Philippines (54 tàu), Campuchia (44 tàu), Đàng Ngoài (37 tàu), đảo Đài Loan (35 tàu)... tất cả tính trong giai đoạn 1604-1635. Cũng trong thời gian trên, tổng cộng đã có 350 Châu ấn thuyền rời Nhật Bản, tức trung bình 10 tàu mỗi năm, giá trị hàng xuất khẩu khoảng 1.053.750 kg bạc. Có thể so sánh, vào cùng giai đoạn thì tàu Bồ Đào Nha trong Mậu dịch Nanban cũng chỉ xuất ngang 813.375 kg bạc, tàu Trung Hoa của thương nhân Phúc Kiến là 429.825 kg, tàu Hà Lan là 286.245 kg.
Hội An là 1 tâm điểm thương mại của tàu buôn Nhật Bản, ko chỉ ở Việt Nam mà là cả Đông Nam Á. Theo thống kê Hội An đã tiếp đến 71 Châu ấn thuyền, tính từ giai đoạn 1601 khi Chúa Nguyễn Hoàng gửi quốc thư cho Tokugawa Ieyasu đến 1635 khi Mạc phủ ban lệnh tỏa quốc. Ko chỉ riêng với thương gia Nhật, mà các đời Chúa Nguyễn đầu thế kỷ 17 còn thi hành những chính sách rất cởi mở nhằm thu hút tàu ngoại quốc đến buôn bán ở Đàng Trong, bởi các Chúa đang cần thêm sức mạnh để chống lại thế lực họ Trịnh ở Đàng Ngoài. Trong số đó tàu buôn Nhật được ưu ái hơn cả bởi khác với người châu Âu, Nhật là nước đồng văn và họ hầu như đến đây chỉ để buôn bán (mặc dù cũng có 1 số thương gia Nhật là nhà truyền giáo Dòng tên).
Những người chờ bên ngoài khi Araki Sotaro yết kiến Chúa Nguyễn.
Địa lý xa xôi khiến người Nhật dễ chiếm được lòng tin hơn người TQ ở Đông Nam Á, vì họ ko thể xâm nhập Đông Nam Á với số lượng lớn nên ko thể là mối đe dọa tiềm tàng. Câu chuyện của những người Nhật ở Hội An bắt đầu với nhân vật Shirahama Kenki, Kenki là 1 thương gia-cướp biển người Nhật đã đến Đàng Trong với 5 tàu vào năm 1585, tiến hành cướp bóc tàu buôn ngoại quốc và cướp phá các vùng ven biển. Kenki bỏ chạy khi bị ít nhất 10 tàu chỉ huy bởi Nguyễn Phúc Nguyên - công tử thứ 6 của Chúa Nguyễn Hoàng tấn công, phá hủy 2 tàu hải tặc. 14 năm sau, tàu của Kenki bị đắm gần cảng Thuận An trong 1 chuyến giao dịch ở Đàng Trong, ông bị bắt và bỏ tù. Chúa Nguyễn Hoàng đã gửi thư cho vị Shogun mới của Nhật Bản - Tokugawa Ieyasu hỏi cách đối phó với những nhân vật như Kenki trong tương lai.
Chúa Nguyễn Hoàng mong Ieyasu bỏ qua nhầm lẫn và tiếp tục cử tàu đến Đàng Trong buôn bán, vì “Hiển Quý (Kenki) là 1 thương gia tốt”! Chúa Nguyễn cho phép thương gia 2 nước Nhật và Trung Hoa tìm địa điểm thích hợp để dựng phố buôn bán lâu dài, từ đó ra đời phố Nhật và phố Khách (của người Hoa) ở Hội An. Hội An được xem là vị trí đẹp, vì nơi này nằm trên thương lộ quan trọng TQ-Đông Nam Á, được che chắn bởi cù lao Chàm, lại cách ko xa dinh trấn Quảng Nam - thủ phủ thứ 2 của Chúa Nguyễn ở Đàng Trong. Điều kiện thuận lợi đã giúp Hội An trở thành nơi có tính quốc tế cao suốt thế kỷ 17-18, vị thế có nét tương tự với Nagasaki ở Nhật Bản, dù rằng tầm mức phát triển về thương nghiệp và đô thị ở Đàng Trong còn hạn chế, khiến Hội An vẫn chỉ là thương cảng mang tầm khu vực.
Khi cảng thị được thành lập đầu thế kỷ 17, người Nhật đã ở đó từ trước và là những người ngoại quốc đầu tiên sống ở khu vực này. Qua thời gian, các thương gia Nhật được Chúa Nguyễn ưu ái về mọi mặt: Họ ko bị kiểm soát, được tự do buôn bán và chỉ phải nộp thuế với mức thấp, thậm chí được các Chúa tin tưởng trao cho những vị trí quan trọng. Vào thời đỉnh cao, phố Nhật ở Hội An có khoảng hơn 1000 kiều dân Nhật định cư, và có 10 dòng họ thương gia giàu có mang quan hệ thân thiết với Mạc phủ đến buôn bán. Hệ thống Châu ấn thuyền chính thức khép lại năm 1635 với lệnh tỏa quốc của Mạc phủ, thương gia Nhật bị buộc trở về quê hương và ko 1 tàu buôn nào được phép xuất ngoại nữa.
Những cơ sở kinh doanh của người Nhật phần lớn bị mua lại bởi các thương nhân Trung Hoa, song phố Nhật hầu như vẫn được giữ nguyên vẹn. Rồi sau những cuộc chiến liên miên của nhà Tây Sơn cuối thế kỷ 18, người Việt và người Hoa tái thiết lại đô thị Hội An theo khả năng và cách làm của riêng mình, xóa sổ gần như toàn bộ dấu ấn Nhật Bản. Chỉ còn lại Chùa Cầu hay cầu Nhật Bản - công trình được các thương gia Nhật góp tiền xây nhằm trấn yểm thủy quái Namazu gây động đất và lụt lội. Dù cho qua nhiều lần trùng tu Chùa Cầu đã mất đi các yếu tố Nhật, thay vào đó là kiến trúc mang phong cách Việt-Trung.
Giữa thập niên 1630 ở vùng phụ cận Nagasaki xảy ra biến cố: Các thương nhân, thợ thủ công, nông dân, ngư dân và cả Ronin vô chủ, vì chịu ảnh hưởng từ nạn đói và bất mãn với chế độ thuế khóa nặng nề đã nổi dậy chống lại Mạc phủ Tokugawa. Sự kiện này diễn ra chủ yếu ở 2 khu vực: Bán đảo Shimabara và quần đảo Amakusa (nên được gọi là khởi nghĩa Shimabara). Nguồn cơn của cuộc nổi dậy đã nhen nhóm từ nhiều năm trước khi Shimabara là phiên thuộc của nhà Arima - vốn là tín đồ Công giáo, vì lẽ đó, có rất nhiều cư dân ở Shimabara và cả vùng xung quanh là Kitô hữu. Khi nhà Arima bị chuyển đi năm 1614 và thay thế bởi gia tộc Matsukura.
Vị Daimyo mới - Matsukura Shigemasa đã hy vọng thăng tiến trong hệ thống cấp bậc Mạc phủ bằng cách tham gia nhiều dự án tốn kém: Như xây dựng và mở rộng lâu đài Edo, chống lại thực dân Tây Ban Nha ở Philippines, xây cất 1 số lâu đài mới ở Shimabara. Kết quả là nhà Matsukura đã đặt 1 gánh nặng thuế khóa quá khổ lên lưng người dân của mình, cộng với việc Mạc phủ đã bắt đầu đàn áp khốc liệt cư dân Công giáo - trước đây vẫn khá yên ổn dưới thời Arima hay Tokugawa Ieyasu. Chính sách của phiên Shimabara đã làm lớp lớp dân địa phương căm phẫn và tiến hành nổi dậy, với lực lượng nòng cốt là người Công giáo.
Họ chọn Amakusa Shiro - 1 thiếu niên 16 tuổi có uy tín làm thủ lĩnh. Tháng 12/1637, quân nổi dậy của Amakusa Shiro tiến hành vây hãm lâu đài Tomioka và Hondo của nhà Terasawa, nhưng đã vượt biển rút sang bán đảo Shimabara khi quân từ các phiên lân cận vùng Kyushu tràn đến. Sau nỗ lực ko thành trong việc chiếm thành Shimabara, quân của Shiro tập trung tại thành Hara (vốn trước đây của nhà Arima) và cố thủ khu vực này, dựng phòng tuyến từ gỗ các con tàu họ dùng để vượt biển. Lượng lương thực cùng vũ khí mà quân Shiro cướp được của nhà Matsukura đã giúp thành Hara gây tổn thất đáng kể cho quân Mạc phủ, kể cả khi Mạc phủ được giúp sức bởi 2 tàu Hà Lan từ Hirado.
Tháng 4/1638, khi tương quan lực lượng là khoảng hơn 27.000 phiến quân đối mặt 125.000 binh sĩ Mạc phủ, thành Hara sụp đổ khi quân nổi dậy đã cạn kiệt thức ăn và thuốc súng. Quân Mạc phủ chém đầu khoảng 37.000 phiến quân và những kẻ có liên hệ, toàn bộ quần thể thành Hara bị thiêu rụi và chôn vùi cùng thi thể tất cả những ai đã chết. Quả quyết rằng 2 nước Iberia đã kích động và hỗ trợ quân phiến loạn, Mạc phủ càng tăng thêm quyết tâm thi hành chính sách tỏa quốc mà mình theo đuổi. Tất cả người Bồ Đào Nha lập tức bị trục xuất, việc thực hành đạo Công giáo bị cấm trên toàn nước Nhật.
Riêng Hà Lan, vốn đã trợ giúp Mạc phủ chống lại quân nổi dậy và chiếm được sự tin tưởng, trở thành nước châu Âu duy nhất được quyền tiếp cận Nhật Bản (người Anh đã rời Nhật năm 1623 vì kinh doanh thua lỗ). Tuy nhiên, mối hiểm họa của Hà Lan lại ko đến từ tôn giáo mà từ 1 thứ khác còn nguy hiểm hơn - vũ khí và các tư tưởng phương tây. Kết cục là vào năm 1641 người Hà Lan bị buộc rời Hirado, được cấp thương điếm mới là đảo nhân tạo Dejima ở Nagasaki - nơi trước đó được xây cho Bồ Đào Nha nhằm tách biệt các tư tưởng ngoại lai khỏi xã hội Nhật Bản. Suốt hơn 200 năm kế tiếp, mảnh đất nhỏ bé và dường như vô hại của Hà Lan trở thành đầu cầu duy nhất nối Nhật với thế giới bên ngoài.
Nagasaki, dù đã được biến tấu thành nơi hoàn hảo cho việc cô lập các nhóm người cũng như vũ khí, nhưng lại ko hề được thiết kế để ngăn trừ các ý tưởng, và những cư dân thành thị hiếu kỳ đã chẳng thể ngồi yên khi sống cạnh đám người ngoại quốc.
Nguồn: Phạm Duy - Nhóm Nghiên Cứu Lịch Sử